Op 6 september 1665 wordt hij geboren in het Boheemse Schönfeld. Zijn vader is kleermaker, hij studeert in Schlackenwert in Bohemen en zijn eerst bewaarde werken als componist dateren uit 1682. In 1690 vinden we hem in Saksen-Lauenurg. Aan het hof aldaar is hij kapelmeester, vijf jaar later treedt hij in dienst van markgraaf Ludwig Wilhelm von Baden, eveneens als kapelmeester.  Deze bouwt na de vrede van Rijswijk  in Rastatt een paleislaat van Versaillaanse allure, vanaf 1715 tot zijn dood op 27 augustus 1746 is Fischer er kapelmeester en componeert er velerlei werken van kerkelijke en wereldlijke aard. Veel van het werk is verloren gegaan. Van Carl Philipp Emanuel weten we dat zijn vader het werk van Fischer zeer waardeerde en hem tot een van de grootste componisten van zijn tijd  rekende.