De kerk is gewijd aan Sint Magnus, een 3e eeuwse bisschop van het Zuid-Italiaanse Trani. Het is een van de oudste kerken van Drenthe, waarschijnlijk daterend uit de tweede helft van de 11e eeuw. Vanaf de 4e/5e eeuw was het gebruikelijk om bij de wijding van de kerk het gebouw onder de bescherming te brengen van een heilige, die dan ook de naam aan de kerk gaf. Meestentijds betrof het een heilige van wie men een reliek bezat.
Wat Anloo betreft komt nu Rome in beeld. Uit gekerstende streken trokken pelgrims ter bedevaart naar het centrum van de katholieke wereld. Voor hun onderdak werden zogenaamde scolae gesticht, een complex met herberg, ruimte voor zieken, een kerkje en een begraafplaats. voor de Friezen werd dat een scola, gewijd aan de aartsengel Michaël. Nu de Kerk der Friezen genoemd, vlakbij het Vaticaan en nog volop in gebruik. In de 9e eeuw maakten drie Friezen deel uit van het leger van keizer Lodewijk de Vrome, de zoon van Karel de Grote. Zij stuitten op het graf van Magnus en wilden zijn lichaam meenemen naar het noorden. Maar ze kregen geen toestemming van paus Leo IV en dus werden zijn stoffelijke resten in de Friese kerk begraven en vandaar dat deze kerk al meer dan 1000 jaar de naam draagt van de SS.Michele e Magno. De paus gaf wel toestemming om een deel van een arm van Magnus mee te nemen. Naast Anloo zijn er in het groot-Friese gebied nog drie kerken aan Magnus gewijd: Hoornsterzwaag, Hollum en Harlingen. Die zouden dus elk een deel van het deel van de arm ontvangen hebben. Mooi verhaal om als waar te koesteren.
Opgravingen hebben uitgewezen dat de kerk houten voorgangers heeft gekend. De toren is overigens 12e eeuws en het koor 14e eeuws, nu in gebruik als gesprek- en koffieruimte.
De doden werden in de kerk begraven, pas later was dat een voorrecht voor hen die dat konden bepalen, voor de rijke stinkerds dus. (Stinkerds vanwege het rottingsproces, waarvan de lucht de kerk binnendrong, als de vloer open lag voor een nieuwe begrafenis) In de kerk liggen nog een aantal zerken van zulke notabelen met gevulde beurs. Er bevindt zich nog een grafkelder van Ritmeester Alberda. Het betreft hier jonker Unico Evert Alberda (1714-1794) die zich met zijn vrouw Theodora Elisabeth, freule de Sigers ter Borch, vestigde op het huis Vennebroek in Anloo. Unico was ritmeester en telg uit een adellijk Groninger geslacht, wiens grootvader zetelde op de Menkemaborg. Na een jaar overleed zijn echtgenote reeds en hij kocht voor 300 gulden grafruimte in de kerk van Anloo en liet op die plek vooraan in het koor een familiegrafkelder metselen. Ook de imposante herenbank is zeer waarschijnlijk door hem geplaatst. Af te lezen aan de adellijke rangkroon met drie fleurons en twee parels, kenmerkend voor de Alberda’s.
De ridder hertrouwt freule Johanna Agnes van Dongen en kreeg met haar twee dochters. In 1753 ligt zij voor de derde keer in het kraambed, wat falikant slecht afloopt: ze sterft. Vijf dagen later gevolgd door het pasgeboren zoontje. Jonkheer Alberda hertrouwt nog eens, blijft nog dertig jaar in Anloo en verkoopt dan huis Vennebroek voor ruim 12.000 gulden. Van de verkoop was de grafkelder uitgesloten. Historisch onderzoek heeft uitgewezen dat nog twee dochters en twee kleinzoons van Unico Evert in de kelder zijn bijgezet. Unico zelf die in 1794 overlijdt wordt in Groningen begraven. De grafkelder raakt in de vergetelheid. Bij restauratiewerkzaamheden gedurende de oorlog werd de grafkelder weer ontdekt, inclusief de unieke toegangstrap van veldkeien. Na de restauratie echter verdween alles weer onder de koorvloer. Bij een restauratie drie jaar geleden lukte het de stichting Vrienden van de Magnuskerk de grafkelder open te houden.
Over restauraties gesproken: behalve de grafkelder leverde dat ook restanten op van middeleeuwse muurschilderingen. Op de noordmuur een deel van het geboorteverhaal van Jezus, waarschijnlijk 13e/14e eeuw. Maria ligt op een bed met groene deken, in haar armen haar kind. Os en ezel kijken toe. Daaronder een drieluik, waarvan de aankondiging verloren is gegaan, vervolgens vermoedelijk Jozef en daarnaast rechts de ontmoeting van Maria met Elisabeth.
In een nis aansluitend op de triomfboog is de vlucht naar Egypte geschilderd. Maria is vervaagd, Jozef loopt voor de ezel, met een knapzak op z’n rug. We worden verrast door nog een muurschildering: Maria met het Christuskind op een troon. De enige schildering die ook na de reformatie open en bloot te zien was.
Op de triomfboog is rechts de Latijnse tekst te lezen: ‘NON CLAMOR SED AMOR SONAT IN AVRE (AURE) DEI’. Vertaald: ‘Niet geschreeuw, maar liefde klinkt in het oor van God’. Het is na de reformatie aangebracht. Net zoals links op de boog de tekst uit Spreuken 3 in Oudnederlands: ‘Mijn kindt vorgett mijn gesette nit; Un dijn harte beware mijne Gebode. Wente se werd dij eyn lank levent Un go(-) ede jaren un Frede bringen’. oftewel: Mijn kind, vergeet mijn wet niet, maar uw hart beware mijn geboden. Want lengte van leven zal je deel zijn en goede jaren in vrede’.
Het kerkje kent drie orgels. Het grote orgel , gebouwd door meesterknechten Radeker en Garrels van de beroemde Arp Schnitger en in 1717/18 geschonken door Anna Geertruida Sichterman, als rijke notabel uiteraard ook in de kerk begraven. Midden in het schip staat bij de preekstoel een kabinetorgel van Freytag uit 1804. In het koor het door Van Vulpen gebouwde huisorgel van wijlen Jelle Zijlstra, een enthousiast amateur-organist. Mevrouw Zijlstra schonk het in 2003 aan ‘Muziek in Anloo’, organisator van menig (orgel)concert in het kerkje.
